• HTMLメールのHTML部分は出力されません。テキスト形式でのみ出力されます。（V5.79β10からオプションでHTML形式のまま出力出来るようになりました）
  
  
• ヘッダの並び順は秀丸メールが勝手に入れ替えてしまいます（具体的には「全般的な設定・メール表示・ヘッダ」の所で指定した並び順になります）。
  
  
• 電子署名されたメールの電子署名が不一致となる可能性が非常に高いです。
  
  
• BASE64やquoted-printableなどのエンコード方式は完全に置き換わってしまいます。
  
  
• 秀丸メールが対応していない形式のメール（例えばS/MIME形式の暗号化メール、vCardの添付ファイル）はうまくエクスポートできません。また、秀丸メールが解釈しない一部の情報が破棄される可能性があります。
  
  

以下、ダイアログボックスについてのヘルプ

形式

　エクスポートで出力するデータの形式を指定します。
　「秀丸メールテキストファイル」は、秀丸メールのメール内容をバックアップするときに便利な形式です。複数のメールを「Ctrl-L !」で区切って出力します。
　「UNIX　MBOX（「From」区切り）」は、メール内容の行頭に「空白From空白」がある場合に、完全に元通りに復元できない可能性のある形式です。その場合、その行の先頭の空白が除去されてしまったり、 メールソフトの種類によっては「From」区切りをうまく認識しなかったりするかもしれません。
　「１メール１ファイル形式（.eml形式）」は、１つのメールを１つのファイルで出力する形式です。 　一般に、他のメールソフト側でインポートさせる用にエクスポートする時は、UNIX MBOX形式か、または１メール１ファイル形式にするのがいいです。

ショートカット作成について
　ショートカット作成は、メール自体をエクスポートするのではなくて、メールを選択する用のショートカット（.lnkファイル）を作成する機能になります。作成されたショートカットをダブルクリックすると、秀丸メールが起動し、そのショートカットにリンクされたメールを秀丸メール上で選択する動作となります。

　参照：メール用のショートカット作成について

ファイル名の形式

　１メール１ファイル形式でエクスポートする場合の、ファイル名の生成法則を指定します。
　「連番タイプ」にすると、ExportXXXXX.emlのようなファイル名（XXXXX部分は適当な数字）となります。
　「Subjectヘッダから生成」にすると、Subject:ヘッダの内容をそのままファイル名にします。ただし、ファイル名が長くなりすぎる場合やファイル名が重なってしまう場合は適当に変更されることもあります。また、ファイル名として使えない文字も適当に変換されます。
　「Date + Subject」にすると、Date:ヘッダに入っている日時がファイル名の先頭に入り、その後Subject:ヘッダの内容が入ります。

タイムスタンプ＝送受信日時

　１メール１ファイル形式でエクスポートする場合の、ファイルのタイムスタンプ（最後に書き込みされた時刻）をどうするか指定します。
　ここをONにすると、１つ１つのメールの送受信日時をファイルのタイムスタンプとするようになります。

エンコードする

　メールの内容を秀丸メールの表示しているそのままの形式で出力するか、またはインターネットのサーバー上でやりとりしている本来の形式（エンコードされた形式）で出力するのかを指定します。 一般的に他のメールソフトとやりとりするためには「エンコードする」としないと都合が悪い場合が多いです。単純にテキスト形式で参照したいだけならエンコードしない方がいいです。

　「エンコードする」をOFFにした場合には、メールの文字コードはShift-JISのまま出力されます。

添付ファイルも出力する

　添付ファイルも出力するかどうか指定します。ここをONにするためには、「エンコードする」もONにしないといけません。

　ただし、HTMLメールはうまく出力できません。

HTML形式メールをHTML形式で出力する

　HTML形式メールの場合に、HTML形式のまま出力するか指定します。OFFにすると、秀丸メールで通常表示する用のテキスト（プレーンテキスト形式）で出力されるのみとなります。ここのオプションをOFFにした場合で「添付ファイルも出力する」だけONにした場合は、HTMLメールは「HTMLメール.htm」または「HTML-Mail.htm」って名前の添付ファイルとして出力されます。
　HTML形式でエクスポートする場合、秀丸メールが一度受信解析して生成した「HTMLメール.htm」のファイルをもう一度エンコードしなおすような動作となりまして、もしかすると文字化けしてしまう可能性があります。なるべくならこのオプションは使わずに、受信ログをエクスポートする方がお勧めです。

X-Attach:ヘッダ出力

　ここのオプションをONにすると、X-Attach:ヘッダの中身をファイル名のみに変換してエクスポートされる先のメールに出力します。（V5.60β15から追加）
　エンコードしない場合、または添付ファイルを出力しない設定の時で、どういう添付ファイルがついていたのか記録したい場合にONにすると便利です。

自動折り返し部分に改行文字を入れる（送信系メールでのみ）

　送信系メールをエクスポートする時に、自動折り返し部分に実際に改行文字を入れるかどうか指定します。

utf-8文字コードで出力する

　ここのオプションをONにすると、メールの文字コードが何かに関係なく、すべてutf-8文字コードに変換してエクスポートします。
　「エンコードする」がONの場合はここの指定は出来ません。